L'administration départementale de l'Etat change de visage avec la création de deux nouvelles directions interministérielles qui sont placées sous l'autorité directe du préfet.

La direction départementale des territoires (DDT) reprend des missions de la DDEA et de certains bureaux de la préfecture. Elle comprend cinq grands services : économie agricole et rurale ; connaissance des territoires ; eau et biodiversité ; urbanisme, habitat et rénovation urbaine et risques et ingénierie d'appui au développement durable.

La direction départementale de la cohésion sociale et de la protection des populations (DDCSPP) exerce des missions jusque-là partagées entre la DDASS, la DDJS, la direction des services vétérinaires, la direction de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes et la préfecture. Elle comprend deux grands pôles : la protection des populations et la cohésion sociale.

Pour l'exercice de ses compétences, le préfet de département dispose également d'une autorité fonctionnelle sur les unités territoriales de directions régionales (DIRECCTE, DREAL, DRAC), et il peut s'appuyer sur la délégation départementale de l'ARS pour ses missions de sécurité sanitaire. De même, l'inspection académique apporte sa collaboration au préfet pour les politiques publiques qui le nécessitent comme l'insertion et la cohésion sociale, la politique de la ville, la prévention de la délinquance...

La réforme ne touche pas l'organisation de la sécurité intérieure. Responsable de l'ordre public et de la sécurité publique, le préfet de département, dans le respect des compétences judiciaires, a autorité sur les services départementaux de la police nationale et de la gendarmerie nationale (direction départementale de la sécurité publique, groupement de gendarmerie départementale).

Pour tirer les conséquences de ces évolutions, la préfecture de Tarn-et-Garonne adapte son organigramme autour du secrétariat général (direction départementale des libertés publiques et des collectivités locales et direction interministérielle de la stratégie de l'Etat, des ressources humaines et des moyens) et du cabinet (affaires réservées, communication, sécurité intérieure et sécurité civile). Enfin, le sous-préfet d'arrondissement de Castelsarrasin voit son rôle confirmé avec une mission tournée vers le développement local et le conseil aux collectivités.